O Arquivo Municipal, com efeito, só foi uma realidade a partir do decreto governamental de 29-11-1916, ficando em depósito na Biblioteca Pública e Arquivo Distrital de Évora em 1917.
Até esta data, encontrava-se parcamente acondicionado em sacos e caixões numa sala dos Paços do Concelho, tendo sido debelado de importante parte do espólio documental ao longo dos séculos, fruto de precárias condições de catalogação e manutenção.
No entanto, a Idade Média eborense não se isentou de algumas tentativas de sistematizar a documentação municipal, como comprovam o Primeiro Inventário do Cartório Comarcão de 1392, escrito pelo escrivão João Afonso e o Inventário do Cartório da Câmara de Évora, realizado durante o reinado de D. João III, previsivelmente por Tristão de Souto Maior.
Já no século XVIII, o padre José Lopes Mira, veio a reunir um inventário informal de alguma documentação municipal, que catalogou conjuntamente com documentos dos Cartulários da Catedral e da Torre do Tombo.
Contudo, é hoje reconhecido o esforço de Joaquim Heliodoro da Cunha Rivara que, enquanto Diretor da Biblioteca Pública de Évora, levou a cabo nos finais do século XIX, um esforço de leitura, transcrição e sistematização da documentação municipal após 1850, distribuindo cronologicamente 19 volumes do atual espólio e organizando cerca de 12.000 documentos.
Até 1917, o espólio municipal estava localizado, em condições perenes e conjuntamente com o Fundo Documental do Celeiro Comum, num salão dos Paços do Concelho situados na Praça de Sertório, sendo de extrema dificuldade o seu acesso e consequente consulta.
Com Armando Nobre de Gusmão, Diretor da Biblioteca Pública e Arquivo Distrital a partir de 1944, o espólio documental do Município foi transferido para a Casa Forte da Biblioteca Pública, sendo organicamente separado e sistematizado de acordo com as diretrizes da altura. Ficou, por então, protegido e preparado para consulta fácil do público.
Esta ação antecedeu o «Inventário dos Antigos Arquivos da Câmara e do Real Celeiro Comum de Évora», realizado por Túlio Espanca em 1949.
Em 1963, é promulgada a separação entre a Biblioteca Pública e o Arquivo Distrital, ação que foi alvo de críticas de Armando Nobre de Gusmão e que levou à delineação de um «Relatório acerca dos inconvenientes da projetada transferência do Arquivo Distrital de Évora» em 1961.
Obstante as recomendações do insigne Diretor da BPE, a separação é realizada e o Arquivo Distrital sai das suas instalações nos Lóios, para se instalar em dependências do Colégio do Espírito Santo.
O espólio documental do Município acompanha esta transferência, tendo ficado localizado numa das salas das referidas dependências.
Em 1982, e por indicação do Presidente da Câmara Municipal de Évora, Abílio Fernandes, é incorporada no acervo nova documentação municipal, que se encontrava nas instalações dos Paços do Concelho.
É então atualizado e acrescentado o Inventário de 1949, que manteve incólume a estrutura de inventariação daquela década.
Em 1997, por Decreto Lei nº60/97 de 20 de Março, a Biblioteca Publica e Arquivo Distrital foram divididas em duas instituições autónomas, ficando ambas na dependência do Instituto de Arquivos Nacionais/Torre do Tombo.
Atualmente a Câmara Municipal abriga no edifício dos Paços do Conselho o Arquivo Intermédio, local onde se encontra depositada esta documentação. «